Fotonaponske sustave trebalo bi zaštititi od izravnog i neizravnog udara munje. Za osiguravanje učinkovite zaštite treba spriječiti izravni udar munje u sam sustav, a također treba spriječiti oštećenja električnih uređaja u slučaju neizravnog udara. Odgovarajuća se zaštita postiže gromobranskim sustavom koji je odvojen od fotonaponskog sustava i postavljanjem prenaponske zaštite. Pri udaru munje u gromobranski sustav, u fotonaponskom sustavu mogu se pojaviti prenaponi kao posljedica induktivnih i kapacitivnih spojeva. Kvarovi fotonaponskog sustava zbog takvih prenapona sprječavaju se kvalitetnim i pravilnim odabirom i postavljanjem prenaponske zaštite.
Dostupni su različiti odvodni vodovi za prenapon, ovisno o preporučljivosti upotrebe u konceptu zaštitnih područja od udara munje na granicama zaštitne zone (u skladu sa standardima IEC 1312-1 i EN 62305) za izjednačavanje potencijala pozitivnih i negativnih vodova fotonaponskih sustava i otklanjanje prijelaznog prenapona koji nastaje tijekom oslobađanja elektriciteta u atmosferi ili sklopnih procesa.